1、常規(guī)PCR：

直接PCR是指直接從樣品擴增目標DNA，無需進行核酸分離純化。

2、熱啟動PCR：

熱啟動PCR常用于增強PCR擴增的特異性。該方法主要利用抗體、親合配體、適體或化學(xué)修飾物等酶修飾酶，來抑制室溫下的DNA聚合酶的活性。這種修飾使得在PCR體系配制階段引物與模板、引物與引物之前的結(jié)合能力降低，從而避免了非特異性擴增。

3、巢式PCR：

巢式PCR是標準PCR的一種演變，其增強了反應(yīng)特異性和目標擴增子的產(chǎn)量。

4、快速PCR：

在快速PCR中，通過縮減PCR步驟所需時間來完成更快的擴增，且不會影響擴增產(chǎn)量和效率。快速循環(huán)條件尤其適用于具有高擴增能力的DNA聚合酶，這類聚合酶在每個結(jié)合中可引入更多的核苷酸。

5、高GC含量PCR：

具有高GC含量（>65%）的DNA模板由于G和C堿基間的強氫鍵影響，比較難以擴增。富含GC的序列同時也涉及二級結(jié)構(gòu)。因此，富含GC的序列可導(dǎo)致DNA聚合酶沿模板擴增時“卡頓”并干擾DNA合成。

6、多重 PCR:

多重PCR可在同一PCR反應(yīng)管中同時擴增多個不同的片段。多種PCR不僅意味著節(jié)省時間、試劑和樣品，還能夠同時對比多個擴增子

7、長片段 PCR:

長片段PCR通常是指擴增大于5kb的DNA片段。長片段PCR傳統(tǒng)上使用 Taq DNA 聚合酶（用于快速延伸）和高保真酶（用于提高準確性）的混合物。

8、定量PCR:

序列的擴增程度（得率）取決于模板起始量，PCR常用于對樣品中的DNA進行定量，其中，常見的應(yīng)用是 基因表達定量。